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FFPE空間轉(zhuǎn)錄組系列課堂 開課啦!

時(shí)間:2023-04-14    |    閱讀量:1710


沿襲冰凍組織空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn),Visium FFPE測序也需要對(duì)組織進(jìn)行切片,因此客戶提供樣本時(shí),可以是前期保存的石蠟組織塊,或取新鮮組織用石蠟包埋。后續(xù)切片、質(zhì)控、RNA信息捕獲及文庫構(gòu)建和生信數(shù)據(jù)分析等工作,全部由烈冰完成,具體實(shí)驗(yàn)流程如下:




FFPE樣本切片厚度一般為5μm(區(qū)別于冰凍組織樣本的10μm),切片樣本大小不宜超過6.5mm × 6.5mm(載玻片的大?。?,超出的部分無法被捕獲到,反而可能會(huì)影響其他樣本空間信息。

組織樣本太大怎么辦?可以根據(jù)不同病變區(qū)域分為多個(gè)樣本。例如,腫瘤組織可以分為中心/邊緣/正常組織進(jìn)行切片觀察。




另外,對(duì)每個(gè)FFPE樣本,都需要做FFPE貼片粘附性實(shí)驗(yàn)。通過切片脫蠟染色再復(fù)水,顯微成像觀察脫片情況,保證正式實(shí)驗(yàn)樣本切片能牢固的粘附在玻片上,防止后續(xù)實(shí)驗(yàn)過程中加各種試劑或洗滌浸水導(dǎo)致切片脫落。